Miles de años en el futuro, Hyrule se ve sumido por la Xenofobia, el miedo creciente de amenazas antiguas y unas otras que se pensaban como Mitos para asustar a los pequeños.
Sin un Héroe que los respalde y las silenciosas diosas, sordas a las plegarias de la gente ¿Qué puede hacer el reino?
- La historia transcurre con la idea del desastre temporal que Link provoca al regresar a su época tras los eventos sucedidos en Ocarina of Time miles de años en el futuro.
- Desgraciadamente, esto ha ocasionado conflictos entre ciertas razas, por ejemplo, las otrora pacificas razas Goron y Zora se han enfrascado en una dura rivalidad (principalmente los últimos) por los recursos de la montaña de la muerte, llegando al extremo de la Xenofobia y el descontento de los Sheikahs .