Marte. Año 2439. Hace cuatrocientos años desde que el ser humano fundó su primera colonia sobre la superficie de Marte. Ahora, el Planeta Rojo se ha convertido en el hogar de millones de personas y en una de las principales vías de sustento de la Tierra gracias al descubrimiento de un combustible llamado doul, que se ha convertido en el sustituto del petróleo. Dos corporaciones a las que les une una rivalidad desde hace décadas se enfrentarán para lograr hacerse con el control del planeta y de sus recursos.
Septiembre de 1998
Han pasado dos meses desde que los Equipo Alpha y Bravo de S.T.A.R.S iniciaron una misión en la famosa Mansión Spencer en las afueras de Raccon City. Los sucesos que allí acontecieron pasaron directamente a formar parte del más alto secreto militar y gubernamental del país. Los pocos que pudieron sobrevivir han dedicado sus vidas a otros objetivos o han tenido problemas con la ley, lo que nunca recibieron a cambio fue una medalla por haber logrado desmantelar un horrible secreto que no podía ser revelado a la sociedad.
En la comisaría de policía de Raccoon, el Equipo Charlie espera impaciente la posibilidad de demostrar sus capacidades. Este grupo de la división no fue enviado a la misión del monte Arklay, lo cual además de salvarles la vida, provocó que su orgullo se hundiera al verse como personas no capacitadas para ese tipo de operaciones. El secretismo entre los altos cargos provocaba muchas rivalidad y enigmas, sin embargo parecía que alguien al fin había creído que era el momento para que los miembros del equipo Charlie dejasen claro que eran capaces de todo.
Todo apunta a que el centro penitenciario de Raccoon puede ser víctima de un ataque terrorista...