Rojo acaba de ganar la liga pokemon; y el profesor Oak, tras felicitarle, le propone irse de Kanto a Johto. Para investigar unas supuestas nuevas especies de pokemon que se cree que tal vez existan.
Todo parece perfecto y todo bien; pero no siempre, puede ir todo bien en el mundo. El team Rocket ha resurgido de sus cenizas tras la derrota de Giovanni.
El profesor Oak, junto a sus nuevos ayudantes de campo (vosotros), teneis que resolver el problema. Antes de que el problema os lleve de por medio.
Ya han pasado dos meses, desde que Rojo. Se marchó, y solo se oyen rumores de compras de grandes terrenos, a precios baratos y de acciones de la organización del Team Rocket. Pero nadie ha podido hacer nada y ha habido gran número de desapariciones de científicos, criadores y enfermeras pokemon.
Últimamente ha habido gran número de personas sospechosas, rondando el laboratorio y el profesor os ha llamado con urgencia…