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La 501 empezó como cualquiera de las otras unidades clon que se abrían paso a lo largo de los desiertos rocosos de Geonosis en la primera Batalla Histórica de las Guerras Clon. Parecían idénticos a los otros clones que se infiltraron en la fortaleza separatista, empujando a las fuerzas de la Confederación fuera del planeta. Sin embargo, el aprendizaje y los progresos de los soldados que formaban parte de la Legión 501 fueron seguidos de forma personal por el mismísimo canciller supremo Palpatine. Al igual que sucedía en el caso de las tropas de choque de distintivos de color rojo, los shocktroopers, que conformaban las fuerzas de élite que servían personalmente a Palpatine, los miembros de la eficiente Legión 501 no recibieron entrenamiento en el lejano Kamino, sino en un complejo de alto secreto situado en Coruscant. De hecho, sólo el Emperador y un reducido grupo de miembros seleccionados del alto mando Imperial formado por sus hombres de confianza sabían de la existencia y el emplazamiento del complejo militar y casi nadie conocía las auténticas intenciones que se ocultaban tras la formación.

Fue poco después de la Batalla de Jabiim, cuando considerando más que fundada la amenaza separatista sobre Coruscant, y cumpliendo ordenes del Canciller, la 501 fue destinada fuera de la capital desde su base de operaciones. Algunos miembros de la Legión fueron transferidos a otras unidades, pero siempre se mantuvo un seguimiento especial sobre ellos por si en el futuro se requería su regreso a la capital para alguna asignación especial. En los últimos días de las Guerras Clon, la 501 estuvo en constante movimiento, trasladada de un campo de batalla otro. La Legión fue dividida en grupos de misiones especiales, a menudo para dar apoyo a otras misiones clon. En todos los casos, operaban independientemente de la estructura de mando ya establecida en la zona.

Cuando Palpatine ordenó a su nuevo aprendiz Darth Vader que acabara con la Orden Jedi, asignó bajo su mandato a los soldados de la Legión 501 que se encontraban en Coruscant, veteranos curtidos en los diferentes campos de batalla de las Guerras Clon, enviados a la lúgubre misión de atacar el Templo Jedi. Las ordenes se cumplieron sin vacilación ni piedad y el lugar quedó completamente arrasado. Los miembros de la legión que marcharon junto a Vader demostraron ser unos durísimos rivales para los caballeros Jedi que estaban en el templo. En los tiempos de la Guerra Civil Galáctica, la 501 continuó al servicio de Darth Vader, aunque tras la Batalla de Endor, sus filas se rompieron y la unidad se disolvió por los numerosos señores de la guerra que querían suceder al caido Palpatine.

Conociendo el valor de los símbolos, fue el Gran Almirante Thrawn quien resucitó la designación 501 para las unidades de stormtroopers que protegían al Imperio de La Mano. Por aquel entonces, esta nueva unidad no contaba con clones, sino con soldados nacidos, con distintos trasfondos e historias, incluyendo miembros no humanos.