Hace treinta años, Hinomoto era un próspero imperio insular situado al este del continente euroasiático. Tras haber atravesado un largo período de sangrientas guerras civiles sus habitantes disfrutaban por fin de una época de paz. El emperador Aragane Satoru abrió las puertas del imperio a las potencias extranjeras y estableció beneficiosas relaciones comerciales con otros países. Los inventos y novedades que llegaron a través de este comercio permitieron dar un salto de gigante en el desarrollo tecnológico del país y no tardaron en aparecer todo tipo de máquinas impulsadas por vapor. Había llegado la Revolución Industrial y con ella los súbditos de Hinomoto empezaron a vislumbrar un brillante futuro para su país como potencia industrial y económica.
Entonces llegaron los kabane.
Los primeros disturbios ocurrieron en la ciudad de Ryotsu, construida en torno a una rica mina de oro y otros minerales en la sexta isla más grande del imperio. Al principio se pensó en una revuelta de los mineros que estaban resentidos porque temían ser sustituidos por las cada vez más omnipresentes máquinas de vapor. Se envió a una delegación del recién formado Ministerio de Industria para intentar negociar con los mineros. Días más tarde se rescató del mar a un único superviviente, uno de los secretarios de la delegación llamado Utsutsu Goemon que flotaba frente a las costas de la ciudad de Niigata, a través de la cual entraban en el país los minerales de Ryotsu. Deshidratado, malherido y con la mente desquiciada, Goemon contó a las autoridades un relato demencial acerca de monstruos de ojos brillantes que mataban a la gente para beberse su sangre. Goemon murió chillando de terror al día siguiente. Enfurecido y avergonzado, el daimio de Niigata envió a sus mejores soldados a Ryotsu para sofocar la revuelta a sangre y fuego, condenando sin saberlo a todo el país.
Los mineros de Ryotsu no se habían sublevado, sino que habían contraído una enfermedad infecciosa desconocida y mortal. Tras la muerte, los enfermos resucitaban como horrendos engendros de piel gris y ojos de color rojo brillante movidos solamente por el ansia de beber sangre humana. Se los bautizó como kabane, una tosca manera de describir su muerte en vida. Los soldados nunca tuvieron oportunidad frente a un enemigo que no temía a balas ni espadas y que podía transmitir su condición con un simple mordisco. Sólo se les podía matar destruyendo su corazón, el cual desarrollaba una coraza metálica natural durante la transformación. Los soldados supervivientes huyeron de la aldea llevándose la maldición con ellos.
La llamada “enfermedad del kabane” se extendió rápidamente por el país diezmando a la población. Los gobiernos de los países extranjeros, temerosos de la enfermedad, impusieron un férreo bloqueo sobre Hinomoto prohibiendo a cualquier barco acercarse a las islas y hundiendo los que intentaban salir. El gobierno se vio impotente para hacer frente a la crisis hasta el punto que el emperador fue obligado a suicidarse por el shogun Amatori Okimasa, quien a partir de entonces se convirtió en el nuevo líder de la nación. Bajo su mando se trabajó a marchas forzadas para fortificar las poblaciones más importantes y comunicarlas mediante titánicas vías de tren por las que circularían los monstruosos trenes-fortaleza conocidos como hayajiro. Estos trenes y sus tripulaciones acabarían siendo la auténtica sangre de la nación, permitiendo transportar mercancías y personas de una estación a otra. Se formó un gobierno nominal situado en la estación de Kongoukaku, aunque en la práctica cada estación funcionaba como una ciudad-estado bajo el mando de la nobleza local.
Hace dos años el shogun Okimasa fue asesinado por su propio hijo, Amatori Biba, el cual había conseguido transformarse en un híbrido de humano y kabane, llamado kabaneri, gracias a la ayuda de una organización clandestina. Su hayajiro, llamada Kokujou, estaba equipada con lo último en tecnología de exterminio de kabane y tripulada por cientos de soldados fanáticamente leales a su carismático general. Biba no tuvo un ápice de piedad. En su venganza no sólo asesinó a su padre sino que abrió las puertas de la estación Kongoukaku a los kabane. Aunque los planes de Biba fueron frustrados por la tripulación del Koutetsujou, la hayajiro propiedad de la familia Yomogawa, la estación habría quedado condenada de no ser por la aparición del nieto del antiguo emperador, Aragane Kojuro. Reclamando su derecho como legítimo gobernante de Hinomoto tomó el mando del ejército del Kongoukaku y con la ayuda de los guerreros de la Koutetsujou y los restos de la tripulación del Kokujou consiguió recuperar la estación y eliminar a los kabane.
La comunicación con las restantes estaciones seguía siendo muy deficiente y la mayor parte de Hinomoto era territorio kabane. Esto fue así hasta que el investigador Kuroda Sachi consiguió crear un misterioso humo azul que ardía al entrar en contacto con los kabane. La hayajiro llamada Ryugujou recibió el encargo de rescatar al científico de la isla de Gunkanjima, donde estaba retenido por una organización extranjera llamada Die Kriegshunde.
Ahora, la Ryugujou y otras grandes hayajiro recorren Hinomoto combatiendo a los kabane con el milagroso humo azul.
Y aquí comienza nuestra historia...