Los misterios del univesrso son el dominio del clan del Fénix. Mucho tiempo atrás, antes de que Shinsei llegara a Rokugan, la gente adoraba a las 7 fortunas. Eran dioses volubles fáciles de contentar y de enfurecer, que proporcionaban bendiciones a cualquiera que las pidiera de forma adecuada y maldiciones a quienes no lo hacían. Los cánticos y rituales secretos que se usaban para comunicarse con ellos eran guardados por una orden de hombres santos llamados shugenja. Estos shugenja practicaban sus artes en una lengua conocida sólo por ellos, escrita en pergaminos que se transmitían de padres a hijos.
Cuando Shinsei llegó a Rokugan, los shugenja adoptaron su filosofía de los Cinco Anillos y la incorporaron a la religión de las Siete Fortunas. Esta fusión creo una filosofía completamente nueva sobre la que meditar, y nadie comprende la naturaleza de la realidad como el clan del Fénix.
Hay tres familias en el clan del Fénix, y sólo una de ellas tiene una escuela de bushido. Las otras dos se dedican al entrenamiento de shugenjas, y ninguna otra escuela de Rokugan puede comparárseles. De todos los clanes (incluída la Grulla), los Fénix son los menos militantes. Prefieren la paz a la guerra y entrar en combate sólo si se ven forzados a ello. Un shugenja Fénix siempre buscará una solución pacífica a un problema, incluso cuando el enemigo esté llamando a sus puertas con máquinas de asedio. Un bushi Fénix, por otro lado, es otra historia totalmente diferente. La familia Shiba es la responsable de proteger las murallas del clan Fénix, y aunque también son los daimyo del clan, las decisiones reales las toman los Cinco Maestros de los Elementos, de la familia Isawa. Los bushi Shiba han tenido dificultades a menudo para obtener permiso del Consejo de Maestros para usar la fuerza militar; por lo que aunque los demás clanes ven al Fénix renuente a luchar, su actitud es sólo correcta a medias. Los bushi están deseosos de luchar, son los shugenja los que son dificiles de convencer.
El Clan del Fenix esta regido por los maestros elementales que son:
Isawa Kaede (acolito del Vacio)
Isawa Uona (acolito del Aire)
Isawa Tadaka (Acolito de la Tierra)
Isawa Tomo (Acolito del Agua)
Isawa Tsuke (Acolito del Fuego)
El Daimyo de la famila Shiba es Shiba Ujimitsu
El Daimyo de la famila Asako es Asako Togama
LAS FAMILIAS
ISAWA
Los Maestros de los Elementos enseñan a los estudiantes más prestigiosos las artes de los shugenja. BENEFICIO: +1 Consciencia
SHIBA
Aunque Shiba Ujimitsu es el Campeón del Fénix, no hay duda de que son los shugenja y no los bushi quienes marcan el destino del Fénix. BENEFICIO: +1 Inteligencia
ASAKO
En la familia Asako están los mayores historiadores del Imperio (aunque la familia Ikoma del clán del León pueda debatir este hecho) BENEFICIO: +1 Percepción