En Rokugan se pueden encontrar distintos tipos de terrenos. Está separado por majestuosas montañas del abrasador desierto del norte, de las misteriosas estepas noroccidentales y de las Tierras Sombrías al sudoeste. Otra gran cordillera, las Montañas del Espinazo del Mundo, pasa por medio del Imperio, dividiendo su territorio en dos partes. A los pies de estas montañas se encuentra un sin número de colinas de gran tamaño, y se pueden encontrar páramos y pequeñas colinas a lo largo y ancho del Imperio.
En el norte abundan los espesos bosques de coníferas, mientras que en el sur y en las islas de los Mantis la visión más habitual son las inconfundibles junglas repletas de árboles exóticos. De todos modos, el bosque más grande y extraño de Rokugan sin duda el Shinomen Mori. Enorme y poco explorado, esta enorme arboleda es un misterio para la mayor parte delos habitantes del Imperio Esmeralda.
En los territorios rokuganeses también podemos encontrar grandes llanuras. Los campos dorados de las tierras Unicornio del noroeste, las grandes zonas agrícolas de los León y los Cangrejo… buena parte de Rokugan está formada por fértiles y amplias mesetas. La costa de Rokugan tiene aspectos muy variables. En el norte las playas son estrechas, cubiertas de piedras alisadas. Las corrientes frías del océano del norte también se estrellan en algunas zonas contra altos acantilados.
En el centro de Rokugan, donde las Montañas del Espinazo del Mundo siguen la línea de costa, ésta es una muralla de enorme altura que ofrece pocos lugares donde pueda amarrar un navío. Los escasos pueblos de esta costa montañosa son los únicos puertos seguros en toda la zona. Más al sur, así como en las islas de los Mantis, las aguas tropicales bañan largas playas de fina arena. El Imperio de Rokugan es pues una amalgama de distintos terrenos y climas, y cuenta con una flora y fauna ricas y diversas.
Muchos ríos atraviesan Rokugan desde las montañas, cruzando el paisaje y hacia el océano. Las ciudades y granjas que se construyen cerca de los ríos tienen diques que las protegen de las inundaciones primaverales.
El clima es variado. El invierno es corto pero frio. El verano largo y sofocante. El otoño es fresco y la primavera húmeda. Rokugan tampoco es ajeno a los desastres naturales, al menos una vez al año se siente al menos un leve temblor bajo la tierra. Los terremotos, tsunamis y huracanes pueden ocurrir.
Rokugan no es ajeno al desastre. Durante los mil años de gobierno Hantei, el Imperio Esmeralda ha visto cientos de terremotos, tsunami y huracanes.
Los terremotos tienen lugar con regularidad. Al menos una vez al año se siente un temblor menor bajo la tierra. Pueden ser ligeros movimientos que retumban durante unos momentos o grandes grietas que derriban edificios y hienden la tierra durante varios minutos. Ha habido cinco grandes terremotos en la historia de Rokugan, todos ellos seguidos al poco tiempo por un tsunami.
Tsunami es la palabra rokuganesa para “ola gigante”. Después de un terremoto los rokuganeses siempre inician los preparativos para hacer frente a uno de estos desastres. Normalmente pueden contar con que llegue entre uno y tres días después. Incluso los terremotos menores pueden provocar tsunami, pero a mayor gravedad del temblor siempre es mayor la de la ola. Los huracanes también son frecuentes de las costas de Rokugan. Estas grandes tormentas destruyen pueblos enteros, pero también aportan grandes botines a los pescadores una vez han pasado.
Otra señal de las fuerzas de la naturaleza torna la forma de los volcanes. Como se mencionó anteriormente hay muchos volcanes en Rokugan, no todos inactivos. Los rokuganeses suelen construir sus pueblos en las tierras bajas, pero la nobleza erige sus fortalezas en lo alto de las montañas, cerca de la amenaza de erupción. Aunque las fortalezas montañosas no se construyen cerca de cadenas volcánicas activas, la mayoría de los rokuganeses conoce el cuento (sin duda apócrifo) de un grupo de shugenja que lanzó un poderoso ritual que despertó el fuego de la tierra para devorar el castillo de un enemigo.