Daniel lleva un año en Abydos cuando un equipo de la Tierra, comandado por el Coronel O'Neill, llega de nuevo al planeta. Verá de nuevo a viejos conocidos de la Primera Misión, como Kawalsky y Feretti, y conocerá a la Capitán Carter, con quien compartirá sus descubrimientos sobre una vasta red de Puertas por toda la Galaxia.
Durante la visita a la estela donde se listan todos los planetas bajo el dominio de la raza de Ra, otro equipo cruza la puerta de Abydos. Se trata de Apophis y algunos de sus Jaffa, quienes secuestran a su esposa Sha're y al hermano de ésta, Skaara (amigo del Coronel).
Al conocer la noticia, Daniel regresará a la Tierra y pedirá al General Hammond que lo incluya en el equipo para la búsqueda de los desaparecidos.
Aunque reticente, Hammond opta finalmente por incluirlo en un equipo llamado SG-1, formado por él, la Capitán Carter y comandado por el Coronel O'Neill. Con el tiempo, formará también parte del equipo el Jaffa Teal'c.
La presencia de Daniel en el SG-1 servirá para entablar relaciones con otros pueblos, cuya lengua, y a veces cultura, Daniel conocerá. Pese a la fascinación de describir tantas civilizaciones antiguas, Jackson no olvida que su principal misión es la de encontrar a su esposa, que ahora es anfitriona de un Goa'uld.
Por desgracia tal misión no podrá ser llevada a cabo con éxito.
La curiosidad por conocer más acerca de la raza de Oma, la protectora del hijo de Apophis y Sha're) y el sentido de la vida en general mantendrán a Daniel dentro del programa Stargate.
Sus dotes como psicólogo servirán, por ejemplo, para tratar con la androide Reese, la creadora de los replicantes. Además, volverá a sus orígenes de lingüista cooperando con el equipo ruso en la traducción del ziggurat de Marduk.
Su humanismo llega al extremo de arriesgar su vida por salvar la de unos científicos de Kelowna. Como consecuencia de su sacrificio heroico se contaminará con radiación llegando a un encuentro cercano a la muerte, donde se le aparece Oma Desala que le ofrece ascender a un plano superior de existencia.
Durante el año que permanece en dicho estado ascendido, su puesto en el SG-1 será ocupado por Jonas Quinn, científico nativo de Kelowna. Como miembro de «los Otros», adquirirá conocimientos de la raza de los Antiguos, que usará en contra de las normas para ayudar a Jack y a Teal'c.
Volverá a su forma humana y sin recuerdos de su etapa como Ascendido, así como una amnesia temporal. Poco a poco volverá a hacerse a la dinámica del SG-1, que ahora busca la Ciudad Perdida de Atlantis, que el propio Daniel les había mencionado en Abydos.
Su conocimiento de los Constructores de Puertas y el latín le servirán para ayudar a Jack cuando posee de nuevo los conocimientos de los Antiguos y encontrar la Ciudad Perdida.
Tras derrotar a Anubis en la batalla de la Antártida, volverá allí para estudiar el Puesto Avanzado de los Antiguos y su tecnología. Descubrirá finalmente la dirección que lleva a Atlantis, aunque Jack no le deja ir en el equipo de la expedición que cruzará a la galaxia Pegasus.
Su conocimiento y contacto con los rusos, le servirán para ir a rescatar a Kinsey -poseído por un Goa'uld- y evitar una guerra nuclear entre la Federación Rusa y los Estados Unidos.
En un intento fallido por detener a la Replicante, Daniel volverá al limbo de la muerte, con forma de cafetería, y allí Oma Desala le plantea de nuevo la Ascensión. Daniel duda, pues desea ayudar a su equipo a salvar la galaxia.
Durante esta estancia entre los Antiguos Ascendidos, descubrirá a Anubis y conseguirá que Oma, quien le hizo ascender, se enfrente a él y le aparte del plano terrenal, dándole así la ventaja y la victoria a los Jaffa que combatían contra sus tropas.
Al desaparecer Oma, Daniel no puede ascender, y termina descendiendo en el Comando Stargate.
Temp.2, Cap. 21: 1969:
Temp.4, Cap 6: Una Ventana a la Esperanza:
Como Comandante del SG-1, el Coronel O’Neill tenía la misión de defender la Tierra de posibles invasiones hostiles y explorar nuevos mundos para regresar a su planeta con nuevas tecnologías para su posterior estudio y evolución.
Natural de la ciudad de Chicago, (nació un 20 de Octubre de 1952) entró en las Fuerzas Aéreas a los dieciocho años, O’Neill se demostró a sí mismo ser un excepcional y dotado piloto. Asignado a programas especiales de adiestramiento para operaciones e infiltraciones secretas, fue entrenado en las técnicas de supervivencia en el desierto, armas y tácticas especiales, asesinatos, demoliciones, armas químicas, fabricación y detonación de explosivos, y es un especializado militar de campo. Participó en 1982 en la misión "Black Ops" sobre Iran/Irak, en 1980 en la operación "East Fly" al Este de Alemania y estubo encarcelado durante cuatro meses en una prisión irakí. Recibió la medalla de las Fuerzas Aéreas en 1998 por salvar a la Tierra del primer ataque goa'uld.
Se retiró del servicio activo cuando su hijo Charlie murió al dispararse accidentalmente con el arma de su padre. O’Neill nunca se recuperó de su pérdida, lo que hizo que su mujer Sarah poco a poco le fuera abandonando. En la actualidad se encuentran divorciados y ella reside con su padre en Colorado. Como consecuencia, O'Neill entró en depresión y se divorció tras el regreso de su misión a Abydos. Su estado depresivo-suicida sirvió para que participara en la Primera Misión a Abydos, donde consiguió sobreponerse casi por completo a la tragedia de su hijo.
Un año después de la misión, el General Hammond le llama a reincorporarse nuevamente al servicio al necesitar de su experiencia, pues el Stargate se ha activado por quien se cree que puede ser Ra (aunque realmente se trate del falso dios Apophis).
Con el descubrimiento de cientos de Puertas por toda la Galaxia, Hammond crea una serie de equipos de exploración y O'Neill será el líder del grupo insignia, el SG-1.
La Capitán Carter, con la que no tuvo un buen comienzo por sus diferencias personales, será su segunda al mando. El equipo lo terminan de integrar el Dr. Jackson y Teal'c, un alienígena de la raza Jaffa que ayudó a los humanos a escapar de la prisión de Apophis en Chulak.
El secuestro de Skaara a manos de los Goa'uld y la muerte de su amigo Kawalsky le empujarán con más ímpetu a la lucha contra los falsos dioses.
Tras aliarse con la Tok'ra y descubrir a los Asgard, O'Neill y el resto de su equipo son raptados por Hathor, la esposa de Ra, logrando escapar gracias a la ayuda de Bra'tac y el General Hammond.
En los siguientes meses, O'Neill sería nombrado representante de la Tierra en el concilio para añadir al planeta al "Tratado de Planetas Protegidos" de los Asgard.
Posteriormente, el equipo descubrirá una nueva amenaza: los Replicantes (y más tarde los Ori), enemigos de los Asgard, no sin antes acabar con el Señor del Sistema Sokar y conseguir la liberación de Skaara del Goa'uld que lo apresaba.
Es ascendido a General teniendo bajo su supervisión a todo el comando, así como teniendo que informar al Presidente. Saldrá en misión con su antiguo equipo en pocas ocasiones pero decidirá sobre ellos desde la Tierra.
Temp.1, Cap. 15: Cor-Ai, el juicio :
Temp.4, Cap. 6: Una Ventana a la Esperanza :
Temp.5, Cap. 17: Fail Safe:
Antes de los eventos de Abydos, Samantha Carter trabajó en el Pentágono durante varios años, tratando de hacer funcionar el Stargate, gracias a la colaboración del Doctor Daniel Jackson. Ella tiene un Doctorado en Astrofísica teórica, se alistó en la Fuerza Aérea de los Estados Unidos, donde acumuló más de 1.000 horas de vuelo pilotando un jet F-16 Fighter en la Guerra del Golfo. Ella es hija del Mayor General Jacob Carter, y tiene un hermano llamado Mark. Su madre falleció en un accidente automovilístico cuando ella era adolescente.
Aunque no pudo participar en el primer viaje, no dudó en tomar parte en la reactivación del proyecto Stargate tras el ataque de Apophis a la base. Teniendo el rango de Capitán, Samantha Carter se une al Equipo SG-1. Fue tomada temporalmente bajo el control del simbionte Tok'ra Jolinar. Posteriormente al fallecimiento de Jolinar, Carter retiene muchos de sus recuerdos, llevando ésto a una alianza con los Tok'ra en contra de los Goa'uld. Esto también le ayuda para poder detectar la presencia de los Goa'uld y también utilizar algunos de los artefactos hechos con tecnología Goa'uld. Carter es promovida al rango de Mayor un par de años después.
Un malentendido relacionado con una tecnología alienígena forzó a Carter y a su superior, el Coronel Jack O'Neill, a admitir que ambos se importan "mucho más de lo que deberían hacerlo". En determinada ocasión, Carter utilizó un portal estelar para destruir una estrella marcando en el portal la dirección P3W-451, el planeta consumido por un hoyo negro; el desbalance de masa resultante causó que la estrella se convirtiera en supernova, destruyendo así a la flota entera de naves de Apophis.
Carter fue capturada por un Replicador de forma humana llamado Quinto con el que ella se había encontrado en el pasado. Quinto eventualmente la libera, no obstante crea un replicador que la copia conocida comúnmente como RepliCarter. Con la promoción de O'Neill a General, él la promueve a Teniente Coronel. Carter entonces asume el mando del equipo SG-1, que incluye a un des-ascendido Daniel Jackson, al Jaffa Teal'c, y a ella misma.